naohaq
少なくともHackageのソースを見る限り https://hackage.haskell.org/package/bytestring-0.10.8.2/docs/src/Data.ByteString.html#local-6989586621679051445 、findEOFというローカル関数が "\n" かどうかしか見ていないのが直接的な原因ですね。で、ここで init で末尾の文字を取り除いた場合、改行コードが LF のみの環境では、末尾にある改行コードでない文字が削られてしまうので問題が起きます。